Tanto él como otros tres altos responsables del Ejército de Liberación de Kosovo (UCK) negaron los diez cargos de crímenes de guerra y crímenes contra la humanidad que se le imputan.
Thaçi y sus coacusados, considerados en Kosovo como héroes de la guerrilla, impusieron un brutal régimen de encarcelamiento, tortura y asesinato para afianzar su control del poder durante y después de la guerra, según la acusación.
"Estos cuatro hombres eran sin duda los máximos dirigentes del UCK y fueron celebrados y honrados por ello", declaró el fiscal Alex Whiting. "Pero su liderazgo tenía un lado más oscuro", afirmó.
"¿Por qué lo hicieron? Las pruebas demostrarán que fue para ganar poder", declaró.
Thaçi, de 54 años, con traje gris y corbata azul, volvió a declararse inocente, como ya hizo en su primera comparecencia ante el tribunal en 2020.
"No soy culpable en absoluto", dijo Thaçi, que dimitió como presidente a finales de 2020 para hacer frente a los cargos.
Sus coacusados, Jakup Krasniqi, exportavoz del UCK; Kadri Veseli, uno de los aliados políticos más cercanos a Thaçi; y Rexhep Selimi, una figura clave de la guerrilla, también negaron los cargos.
Varios miles de personas se manifestaron el domingo en Pristina en apoyo de los cuatro hombres antes del inicio de su juicio ante el tribunal especial, financiado por la Unión Europea.
En La Haya, decenas de personas se manifestaron este lunes con banderas rojas y negras para darle su apoyo.